News archive
03.12.08 7. Deutscher Chlamydien Workshop
The annual German work shop on all aspects of chlamydia research, from basic science to clinical research, diagnostics and therapy, this time takes place in Lübeck from March 4-6, 2009. Conference Homepage [German]
21.11.08
City of Vienna Award for Michael Wagner
The City of Vienna Awards are awarded anually to individuals with major achievements in either of nine different categories ranging from architecture, literature and art to humanities and natural sciences. Michael Wagner received the City of Vienna Award 2008 in the category Natural Sciences. Die Universität Online [German]
24.09.08
Nichts für schwache Nasen
Michael Wagner und Holger Daims im TV-Feature "Forschen und Entdecken" über die Rolle von Mikroorganismen bei der Abwasserbehandlung. Video [WMV]
16.07.08
DoME an der KinderUni Wien 2008
Auch dieses Jahr wieder war DoME mit der Vorlesung "Warum sind Bakterien für uns so wichtig? - Erstaunliches und Unerwartetes aus dem unsichtbaren Reich der Bakterien" an der Kinderuni Wien vertreten. mehr... Ö1 Kinderuni, DoME im Radiointerview
13.05.08
New paper in Nature Rev. Microbiology
Decisions on the existence of species and methods to define them should be guided by a method-free species concept that is based on cohesive evolutionary forces. This review summarizes current approaches to defining species and the problems of these approaches, and presents selected examples of the population genetic patterns at and below the species level. Achtman M, Wagner M. 2008. Microbial diversity and the genetic nature of microbial species. Nature Rev. Microbiol., in press. Advance Online Publication
13.05.08
New paper in Ann. Rev. Microbiology
Although Chlamydiae are major pathogens of humans and animals, they were long recognized only as a phylogenetically well-separated, small group of closely related microorganisms. Today, several chlamydia-like bacteria have been described as symbionts of free-living amoebae and other eukaryotic hosts. Some of these environmental chlamydiae might also be of medical relevance for humans. Their analysis has contributed to a broader understanding of chlamydial biology and to novel insights into the evolution of these unique microorganisms. Horn M. 2008. Chlamydiae as symbionts in eukaryotes. Ann. Rev. Microbiol. 62: 113-131. Reviews in Advance
06.02.08 New paper in PNAS Thermophilic ammonia-oxidizing archaea have recently been discovered, in an enrichment from a geothermal spring, by researchers of the University of Vienna, the University of Hamburg, and the Winogradsky Institute of Microbiology. Single-cell metabolic analysis revealed that this archaeon is active at low ammonium concentrations, but highly sensitive to slightly increased amounts of this substrate. Its preference for elevated temperatures supports the hypothesis that ammonia-oxidizing archaea originated from a thermophilic ancestor. Hatzenpichler R, Lebedeva EV, Spieck E, Stoecker K, Richter A, Daims H, Wagner M. 2008. A moderately thermophilic ammonia-oxidizing crenarchaeote from a hot spring. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105: 2134-2139. Abstract (PNAS website)PDF Unerwarteter Mikroorganismus in heißer Quelle (Die Universität Online) Ö1 radio report in "Wissen Aktuell" [MP3] Wiener entdecken neue Mikroorganismen (Der Standard)
02.01.08
DoME contributes cover page for "Brock - Biology of Microorganisms" The twelfth edition of "Brock - Biology of Microorganisms" (Madigan, Martinko, Dunlap, Clark, eds.) features on the cover a figure showing the filamentaous methane oxidizer Crenothrix polyspora, contributed by Kilian Stoecker, Holger Daims, and Michael Wagner. The figure was created from a confocal image stack processed and rendered using the image analysis software daime. Brock is among the most widely used, authoritative text books for introductory microbiology. Software daime Original paper on Crenothrix polsypora
18.9.07 New paper in PLoS Biology: Trentmann O, Horn M, van Scheltinga AC, Neuhaus HE, Haferkamp I. 2007. Enlightening energy parasitism by analysis of an ATP/ADP transporter from chlamydiae. PLoS Biol. 9: e231. PLoS Biology
14.9.07 probeCheck beta test
We are proud to announce the beta test of probecheck, a new web server for convenient testing of probe and primer specificity and coverage. probeCheck uses an extendable list of established sequence databases including the rRNA database Silva, RDP-II, and Greengenes, and the functional gene databases of FGPR. probeCheck webserver
13.7.07 DoME at the KinderuniWien: It is the 5th anniversary of the KinderUniWien, a university for children between the age of 7 and 12, that exists for only few weeks each year during the official school holidays. This year, more than 3,000 children have registered, and the Department of Microbial Ecology has contributed an interactive lecture on the importance of bacteria for life on planet earth entitled "Warum sind Bakterien für uns so wichtig? - Erstaunliches und Unerwartetes aus dem unsichtbaren Reich der Bakterien".
Homepage of the KinderuniWien 2007 [German] DoME an der KinderuniWien [German]
4.7.07 Bank Austria Creditanstalt Award: Six students and scientists from the University of Vienna have recieved awards from the Bank Austria Creditanstalt for their innovative research or education projects. Among them was our postdoc Kilian Stoecker. Die Universität Online [German]
9.5.07 Unbequeme Untermieter - Bakterien, die in Zellen leben
Bakterien haben im Laufe der Evolution die seltsamsten Lebensräume und Nischen besiedelt. Manche von ihnen leben sogar in den Zellen anderer Lebewesen. Solche intrazellulären "Mitbewohner" beeinflussen das Leben vieler Pflanzen, Tiere und Menschen entscheidend. Ein kürzlich gestartetes Projekt im Rahmen eines universitären Forschungsschwerpunktes widmet sich den "Bösewichten" unter ihnen.
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22.2.07 Research focus "Symbiosis": The research focus "Symbiosis" of the Faculty of Life Sciences at the University of Vienna, coordinated by the Department of Microbial Ecology, launched a new website. Homepage of the research focus
23.8.06 Nützliche Parallelwelt
Mikrobiologe Michael Wagner unter Top Ten bei Publikationen und damit der bestplatzierte in Österreich arbeitende Naturwissenschafter - ein Geistesblitz.
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12.6.06 Forschung an trickreichen Bakterien Seit drei Jahren forscht Matthias Horn an der Universität Wien, seit Februar 2006 hat er eine Professur für Mikrobielle Symbiosen am Biozentrum Althanstraße der Fakultät für Lebenswissenschaften inne. In der Scientific Community hat er sich mit seinen Untersuchungen zu bestimmten Bakterien – den Umweltchlamydien, die mit Amöben in Symbiose leben – einen Namen gemacht. Im Gespräch erzählt er über seine aktuelle Forschung, die Perspektiven für junge WissenschafterInnen und den neuen Bachelor Biologie an der Universität Wien. Mehr auf Die Universität Online ...
3.5.06 Ressourcenkampf der Mikroben So gut sulfatreduzierende Mikroorganismen im Meer untersucht sind, so wenig weiß man über ihre Rolle in terrestrischen Feuchtgebieten. Offenbar vollkommen neue Vertreter dieser Spezies haben Mikrobiologen der Universität Wien in einem bayerischen Moor entdeckt. Ein soeben begonnenes FWF-Projekt am Department für Mikrobielle Ökologie soll klären, wie diese Organismen es schaffen, dort zu überleben. Mehr auf Die Universität Online ...
6.4.06 New paper in Nature: Strous M, Pelletier E, Mangenot S, Rattei T, Lehner A, Taylor MW, Horn M, Daims H, Bartol-Mave D, Wincker P, Barbe V, Fonknechten N, Vallenet D, Segurens B, Schenowitz-Truong C, Médigue C, Collingro A, Snel B, Dutilh BE, Op den Camp HJM, van der Drift C, Cirpus I, van de Pas-Schoonen KT, Harhangi HR, van Niftrik L, Schmid M, Keltjens J, van de Vossenberg J, Kartal B, Meier H, Frishman D, Huynen MA, Mewes HW, Weissenbach J, Jetten MSM, Wagner M, Le Paslier D (2006). Deciphering the evolution and metabolism of an anammox bacterium from a community genome. Nature 440: 790. Nature Press release [in German] Forschungsnewsletter der Universität Wien [in German] Der Standard [in German] Die Presse [in German]
10.2.06 Wissenschaftstag 2006: Freitag, 31. März. Der wissenschaftliche Nachwuchs des Vienna Ecology Centre präsentiert aktuelle Forschungsprojekte; Abstract Deadline 17. März more...
12.09.05 First release of daime available: This new software for digital image analysis in microbial ecology is now available for Linux and Windows operating systems. more...
01.07.05
TV feature in Modern Times (ORF): Molecular analysis of complex microbial communities. view video [Windows Media Player, 8MB, in German]
7.6.05 New paper in PLoS Biology: Sabehi G, Loy A, Jung KH, Partha R, Spudich JL, Isaacson T, Hirschberg J, Wagner M, Beja O. 2005. New insights into metabolic properties of marine bacteria encoding proteorhodopsins. PLoS Biology 3: e273. more...
02.12.04
Lazy but smart
The discovery of novel transport proteins reveals how bacteria that live inside unicellular microorganisms exploit their host cells.
Researchers from the Universities of Vienna (M. Horn, M. Wagner) and Kaiserslautern (I. Haferkamp, E. Neuhaus) have discovered how intracellular bacteria that are closely related with chlamydiae, major pathogens of humans (with more than 60 Million infections per year), exploit their host cells. These symbiotic bacteria thrive within amoebae or human cells and thus can rely on their hosts providing complex and energy-rich nutrients. As a consequence these bacteria have lost the ability to synthesize essential compounds on their own. In the physiological sense, they got "lazy" during evolution.
This reduction of metabolic capability was only possible by simultaneous development of highly specific transport mechanisms. For the first time the research team was able to identify a transport protein for the universal electron carrier and co-factor NAD+ (nicotinamide adenine-dinucleotide). In concert with similar transport proteins the bacteria are able to in addition import energy (as ATP) and further nucleotides, the basic modules of DNA. These transport proteins thus ensure a constant supply of highly valuable substrates from the host cells nutrient pool, the researchers report in the science magazine Nature (December 2nd 2004).
As these transporters are only present in the bacteria but not in the host cells, they might represent promising targets for novel antibiotics. The development of novel drugs for anti-bacterial therapy is one of the major challenges of our time.
12.05.04
Die Abteilung Mikrobielle Ökologie auf der ScienceWeek im Museumsquartier ScienceWeek@Austria
08.04.04
Living Microbial Fossils
Genome sequencing of bacteria that have been living in unicellular organisms since primeval times revealed novel insights into the evolution of major bacterial pathogens of humans.
The first complete genome sequence of a bacterium that lives as a symbiont inside amoebae was recently determined by researchers at the Technische Universität München (Germany) and the University of Vienna (Austria).
The investigated bacteria have only recently been discovered and represent the closest living relatives of chlamydiae, according to Michael Wagner and Matthias Horn, lead authors of the study. Chlamydiae are among the most successful bacterial pathogens of humans and cause more than 60 million infections per year.
Deciphering the genetic material of the chlamydia-related symbiont allowed reconstruction of the biology and genetic make-up of the last common ancestor of the symbiont and pathogenic chlamydiae, which had lived in the Precambrian some 700 million years ago.
The chlamydial ancestor was already dependent on an animal or plant host cell, presumably an ancient primitive unicellular organism. Long before the first vertebrates roamed the earth, primeval chlamydiae were colonising protozoa and exploiting them as host cells. Today these same strategies of host colonization enable modern chlamydiae and other bacterial pathogens to infect animals and humans. Protozoa (such as amoeba) should thus not be considered merely as predators feeding on bacteria, but also as key players in the evolution of important contemporary pathogens.
The research will be published on 08. April 2004 in Sciencexpress (www.sciencexpress.org) and shortly thereafter in the printed version of the journal Science Magazine (Science 304, 728-730).
Die mikrobielle Ökologie ist ein Forschungsgebiet, das nicht zuletzt durch neue molekularbiologische Techniken in den letzten Jahren enorm an Bedeutung gewonnen hat. Beginnend mit einer Reihe neuer Forschungsprojekte will man diesen Forschungszweig auch an der Universität Wien etablieren. Ein interdisziplinäres Projekt zur Symbiose von Bakterien und Amöben wurde nun vom FWF bewilligt.
Die Arbeitsgruppe "Mikrobielle Ökologie" der Technischen Universität München unter Leitung von PD Dr. Michael Wagner und die MWG-Biotech AG (Ebersberg) haben sich im Rahmen eines Projekts zur Genomsequenzierung und -analyse eines Vertreters der erst kürzlich entdeckten Umwelt-Chlamydien zusammengeschlossen. Ziel dieser Kooperation, die vom Bundesministerium für Bildung und Forschung gefördert wird, ist das Erlangen eines umfassenden Überblicks über die Biologie dieser neuartigen Mikroorganismen, sowie die Aufklärung der genetischen Unterschiede zwischen den Umwelt-Chlamydien und deren humanpathogenen Verwandten. Damit sollen unter anderem neue Wege bei der Therapie von Chlamydieninfektionen aufgezeigt werden.
Chlamydien sind bedeutende bakterielle Krankheitserreger des Menschen. Deren wichtigsten Vertreter zählen zu den am häufigsten sexuell übertragenen, pathogenen Bakterien (Chlamydia trachomatis) oder verursachen weitverbreitete Atemwegerkrankungen (Chlamydophila pneumoniae). In letzter Zeit gerieten Chlamydien verstärkt ins öffentliche Interesse, nachdem sie zudem mit der Entstehung von Artheriosklerose und Asthma in Zusammenhang gebracht wurden.
Am Lehrstuhl für Mikrobiologie konnten Chlamydien-ähnliche Bakterien erstmals auch in der Umwelt nachgewiesen werden. Inzwischen konnte die Arbeitsgruppe zeigen, dass die Biodiversität der Umwelt-Chlamydien beispielsweise in Kläranlagen noch weit über den heute bekannten Stand hinausgeht. Zudem gibt es eine Reihe von Befunden, die eine medizinische Bedeutung der Umwelt-Chlamydien möglich erscheinen lassen. So wurden bei Patienten mit Atemwegerkrankungen mit Hilfe immunologischer und molekularbiologischer Verfahren Hinweise auf eine Beteiligung von Umwelt-Chlamydien gefunden. Dies deckt sich mit Laborexperimenten, die zeigen, dass zumindest einige der Umwelt-Chlamydien auch Säugetierzellkulturen infizieren können.
Im Rahmen von EDGE, dem "environmental chlamydiae genome project" der Arbeitsgruppe "Mikrobielle Ökologie" am Lehrstuhl für Mikrobiologie soll zusammen mit MWG-Biotech das Genom eines Vertreters der neuartigen Umwelt-Chlamydien sequenziert werden. Die vergleichende Analyse dieser Genomsequenz mit bereits veröffentlichten Genomsequenzen der humanpathogenen Chlamydien soll Aufschlüsse über die Evolution der Chlamydien, sowie über deren Anpassungen an intrazelluläres Leben in höheren eukaryontischen Zellen geben. Im Rahmen der Kooperation werden, basierend auf den gewonnenen Daten, in Zusammenarbeit mit Prof. Dr. Thomas F. Meyer vom Max-Planck Institut für Infektionsbiologie (Berlin) DNA-Chips für die Untersuchung der Genexpression (Transkriptomanalyse) der Umwelt-Chlamydien entwickelt werden. Diese Arbeiten werden wichtige Grundlagen für die Forschung nach neuen Wirkstoffen für die Chlamydien-Therapie liefern und auf diese Weise langfristig zur Bekämpfung der von Chlamydien verursachten Erkrankungen beitragen.
Das Projekt wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMB+F) im Rahmen des Kompetenznetzwerkes "Genome pathogener Bakterien" (Koordination: Prof. Dr. Werner Goebel, Universität Würzburg) unterstützt. Dieses Netzwerk ist Teil einer BMB+F-Initiative zur Förderung der mikrobiellen Genomforschung in Deutschland.
30.05.01
"Ménange à trois" - Neuartige Symbiose zwischen Bakterien und Meereswürmern entdeckt
Symbiosen stellt man sich üblicherweise als Interaktionen zwischen zwei Organismen (einem Symbiont und einem Wirt) vor, die für beide Partner nützlich sind. Generell wird angenommen, dass nur sehr selten mehr als ein Symbiont in einem Wirt vorkommt, da der Wettbewerb zwischen Symbionten um Ressourcen und Raum schädlich für den Wirt wäre.
In einem von Dr. Nicole Dubilier (Max-Planck Institut für Marine Mikrobiologie, Bremen) koordiniertem Projekt wurde nun eine ungewöhnliche Symbiose zwischen dem marinen Wurm Olavius algarvensis und zwei verschiedenen Bakteriensymbionten erforscht. Im Rahmen dieses Projektes, dessen Ergebnisse diese Woche in der Fachzeitschrift Nature veröffentlicht werden, wurden am Lehrstuhl für Mikrobiologie der Technischen Universität München Arbeiten zur Identifizierung und funktionellen Charakterisierung der symbiontischen Bakterien von Dipl.-Biol. Michael Klein unter Leitung von PD Dr. Michael Wagner (Arbeitsgruppe "Mikrobielle Ökologie") durchgeführt. Die nur Millimeter großen Würmer stammen aus Flachwassersedimenten des Mittelmeers unweit der Insel Elba (Italien) und beherbergen in ihrem Inneren zwei verschiedene Bakterienarten, die mit traditionellen Methoden nicht näher charakterisiert werden können. Die Identifikation dieser symbiontischen Bakterien erfolgte durch eine vergleichende Sequenzanalyse ihrer ribosomalen Ribonukleinsäure (rRNS). Mit Hilfe dieses Ansatzes und dem anschließenden Nachweis der Bakterien direkt im Wurm mittels spezifischer rRNS-gerichteter Gensonden und Fluoreszenz in situ Hybridisierung (siehe Abbildung), der an der TU München in Kooperation mit Frau Dubilier durchgeführt wurde, konnte gezeigt werden, dass die beiden Bakterien zu sulfid-oxidierenden bzw. sulfatreduzierenden Bakterien verwandt sind.
Den Forschern an der TU München gelang es zudem in Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe in Bremen, Gene für die dissimilatorische Sulfitreduktase, ein Schlüsselenzym aller sulfatreduzierenden Bakterien, in einem der Wurmsymbionten nachzuweisen und somit dessen Funktion als sulfatreduzierendes Bakterium zu bestätigen.
Weitere Einblicke in die Physiologie und Aktivität der Symbionten wurden durch immunozytochemische Methoden und Isotopenversuche erhalten. Einer der Symbionten reduziert Sulfat unter Energiegewinn zu Sulfid. Dieses im Wurm gebildete Sulfid wird von dem anderen bakteriellen Symbionten für die Energiegewinnung oxidiert und somit für den sulfatreduzierenden Partner regeneriert. Folglich, konkurrieren beide Symbionten nicht miteinander, sondern katalysieren gemeinsam einen geschlossenen Schwefel-Kreislauf im Inneren des Wurms. Der Wurm bietet den symbiontisch lebenden Bakterien Schutz und Beweglichkeit und profitiert gleichzeitig von deren Anwesenheit, da toxische Stoffwechselprodukte die der Wurm unter anaeroben Bedingungen produziert, den sulfatreduzierenden Bakterien als Nahrung dienen und somit für den Wirt entgiftet werden. Die Sulfatreduzierer stellen zusätzlich eine von der Umgebung unabhängige Quelle reduzierter Schwefelverbindungen dar, die für die schwefeloxidierenden Bakterien lebenswichtig sind. Somit könnte diese Symbiose den Wirt in die Lage versetzt haben neue Lebensräume zu kolonisieren und sich geographisch weiter zu verbreiten.
13.05.08
13.05.08
02.01.08
Researchers from the Universities of Vienna (M. Horn, M. Wagner) and 
Genome sequencing of bacteria that have been living in unicellular organisms since primeval times revealed novel insights into the evolution of major bacterial pathogens of humans.
Symbiosen stellt man sich üblicherweise als Interaktionen zwischen zwei Organismen (einem Symbiont und einem Wirt) vor, die für beide Partner nützlich sind. Generell wird angenommen, dass nur sehr selten mehr als ein Symbiont in einem Wirt vorkommt, da der Wettbewerb zwischen Symbionten um Ressourcen und Raum schädlich für den Wirt wäre.